小高源吾是个喜爱怪兽的漫画家，但是自己所创作的怪兽往往不被自己的上司所欣赏，某天一个怪兽游乐园的人看中了他的作品于是雇用了小高，起初小高还很高兴的接下了这项工作，但是在过程当中却不断的发生奇怪的事情，也因此使得在怪兽岛的哥吉拉派遣安基拉斯来到日本，结果小高发现这居然是一场阴谋，而且这个阴谋正是以哥吉拉跟地球为目标.......

黑洞第三行星的人对机械哥吉拉进行改良，并且拉拢一位天才科学家真船信三博士，控制恐龙型怪兽泰坦龙来一起毁灭地球，国际刑警组织和哥吉拉将如何对付这个强大的邪恶军团？