《太空堡垒卡拉狄加：计划》的剧情讲述的是电视剧中没有交代过的一些事情，故事集中在几个未暴露身份的Cylon身上，将以Cylon人自己的视角，来阐述Cylon对人类实施核灭族的动机和观点。

一种神秘且邪恶的病毒袭击了位于丛林深处的某军事基地，它令被感染的人类惊魂失神，狂躁嗜血，大屠杀和血腥蔓延丛林之中。急救人员索尼娅（Hélène de Fougerolles 饰）和男友马克（Francis Renaud 饰）救出一名伤者，但是伤者身上出现的奇怪症状令他们恐慌不已。随车离开的女战士坚决要求抛弃伤者，她因此和索尼娅、马克发生争执。混乱中她乱枪击重伤者，而自己也死于枪战中。伤者的血喷溅到马克身上，使他受到病毒的感染。索尼娅独自驱车奔驰在大雪纷飞的崇山峻岭，带爱人寻找治疗和避难的场所。　　在等待救援的过程中，马克的身体逐渐发生变化。面对正渐渐丧失人性的爱人，索尼娅不得不做出选择……

主人公山姆（克里斯·卡马克 Chris Carmack 饰）有着沉重的过去，一场大火让他的家庭支离破碎，妹妹珍妮（蕾切尔·敏纳 Rachel Miner 饰）也由于自己的失误葬生火海。成年后的山姆在偶然间发现自己拥有了能够穿越时空的超能力，他利用自己的能力回到了火灾现场，虽然救出了珍妮，但是本该逃生的父母却死于火灾。改变了过去后，山姆和珍妮相依为命，山姆结交了女友丽贝卡（Mia Serafino 饰），可是没多久，惨剧再次发生，丽贝卡死于一场谋杀，而山姆的朋友朗尼（Richard Thorne 饰）则被警方当做真凶逮捕判刑。丽贝卡的妹妹伊丽莎白（莎拉·哈贝尔 Sarah Habel 饰）觉得事有可疑，他拜托山姆穿越回丽贝卡被杀害的那一天，找出真凶。　　一次次的穿越让时间线索变得面目全非，本该死的人活着，本该清白的人却背上的罪名，唯一不变的，是所有亲近他...